已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。船员们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。不久到达波利斯的4名队员，而等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前却出现了人类认定已经灭亡了的怪兽。　　就在同一时刻,驾驭怪兽的青年也出现了!而他的目的又是什么呢......?

一辆老式轿车载着一男两女行驶在阳光明媚的山间公路上，突如其来的车祸摧毁了看似美好的一切。不知过了多久，男人从昏迷中醒来，他躺在一间空旷的屋子中央，窗边摆着医疗设备和仪器。清脆的脚步声响起，美丽而略带神秘感的女人走到他的面前。男人似乎因车祸而大脑受创，他记不起眼前的女人是谁，对方声称是他的妻子。在昏睡的梦中，关于车祸的碎片时时闪现眼前，这令坠入记忆裂缝中的男人愈加无助。越是迷惑，他越是渴望了解这个家，了解这个陌生的女子。女人神秘的笑容背后，藏着可怕的秘密。