21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖和查理·赫洛维发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊。

一个团队在地球上发现了人类起源的线索，这个线索引领他们踏上太空之旅，来到了一个宇宙中最黑暗的角落。在那里，他们必须血战到底以保护人类在未来不被毁灭。