抗日战争时期，日军为顺利占据长沙，启用潜伏在中国15年的战略特工“黑执事”，实施策划已久的战略欺骗计划。中共地下党党员云慕之在调查“黑执事”的过程中被杀。其子云弘深在不知父亲真实身份的情况下追查凶手，

John被派去收回被偷的轰炸机。他信赖的伙伴Rojar和一直以来忠贞的Jessica，与vivacious Ellianna 领导的Banansistan造反军展开斗智 ，同伊利安娜为首的叛军班斯坦展开连番厮杀。

五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的